Yra daug institucijų aukštojo mokslo visoje Kirgizijoje. Tai apima maždaug trisdešimt septyni valstybinių universitetų ir aštuoniolika privačių universitetų. Žinomiausia universitetai Kirgizija yra University of Centrinės Azijos ir Kirgizijos nacionalinio universiteto.

Magistro diplomas yra suteikiamas sėkmingai antrosios pakopos studijas pabaigusiems specialistams. Tam kad studentams būtų suteiktas magistro laipsnis, jiems paprastai reikia sėkmingai pabaigti nuo 12 iki 18 akademinių studijų dalykų. Šio tipo studijos paprastai yra pabaigiamos magistrinio darbo gynimu arba baigiamaisiais studijų egzaminais.